مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه با صدور بیانیه‌ای، حکم ظالمانه دادگاه بحرین علیه شیخ عیسی قاسم را مخالفت آشکار با احکام قرآن دانست و به آل خلیفه هشدار داد از دل بستن به آمریکا و اسرائیل خودداری کند.